Die Einnahmen aus der Kraftfahrzeugsteuer gingen bereits per 1. Juli 2009 auf den Bund über. Für die Übergangszeit bis zum 30. Juni 2014 wurde sie für den Bund weiterhin von den Finanzbehörden der Bundesländer vereinnahmt. Die Zollverwaltung hat nun die Festsetzung, Erhebung und ggf. Vollstreckung dieser 'beliebten' Einnahmequelle übernommen. Ausgestellte Steuerbescheide behalten ihre Gültigkeit.
Der Zoll kämpft allerdings seit einiger Zeit mit Datenbankproblemen. Bei Unklarheiten müssen sich Autofahrer an das zuständige Hauptzollamt wenden. Probleme können auch bei Lkw- und Motorradfahrern auftreten. In einigen Fällen sollen die Steuerbescheide falsch berechnet, ein zu hoher Betrag vom Konto abgebucht oder der Steuerzahler um eine erneute Einzugsermächtigung gebeten worden sein.